K výrazným prestavbám došlo po porážke kuruckých vojsk. V roku 1728 boli rozšírené podzemné priestory rozmernou kryptou, kostolná veža vznikla v roku 1723. V roku 1765 dal nitriansky biskup Ján Gustíni pristaviť kláštor a rok na to prebehla slávnostná inštalácia piatich nazarénskych mníchov. Rehoľu nazarénov založil v španielsku Juan Alfonso Varela y Losada. Ich regula kládla väčší dôraz na pustovnícky život, osobnú askézu a kontempláciu. Živobytie si zabezpečovali každodenným žobraním. Nazaréni si svojou prísnou askézou čoskoro získali priazeň veriacich. Nakoľko rehoľné pravidlá predpisovali, aby členovia chodili bosí a bez pokrývky hlavy, ukázal sa tento spôsob života ako nevhodný pre naše končiny. Ich pôsobenie ukončila Mária Terézia, rehoľu zrušila svojím nariadením 4. mája 1770. Poslední nazaréni odchádzajú z Nitry v roku 1771.

Tradícia organizovania výročných púti k Matke Božej (15. augusta) na nitriansku Kalváriu siaha práve do obdobia pôsobenia nazarénov, do roku 1766. Ich úmysel súvisel s vďačnosťou za dobročinnosť biskupa Jána Gustíniho, ktorý hmotne zabezpečil chudobnú Nitru. Podaroval mestu budovu, nakoľko mesto nedisponovalo vlastnou radnicou. Zástupcovia mesta sa schádzali v byte primátora do roku 1765. Veriteľom zaplatil z vlastných prostriedkov 1229 zlatých, ktoré im mesto dlhovalo. Biskup Gustíni odpustil mestu 550 zlatých, ktoré si mesto od neho požičalo na postavenie dreveného mosta cez rieku Nitra. Biskup dal tiež vydláždiť aj priestory mestskej tržnice. Odpoveďou členov mestského magistrátu i samotných mešťanov bol záväzok každoročnej púte na sviatok Nanebovzatia Panny Márie do Kostola Matky Božej na Kalvárii. Istým spôsobom sa vďačnosť veriacich vždy spájala s poďakovaním sa Bohu za jeho pomoc v ťažkostiach a dobrodenia. Pútnici ďakovali Bohu za dar starostlivej Matky Márie, pod ktorej ochranný plášť zverovali seba i svojich najbližších.

Po odchode nazarénov sa kláštor premenil na Kňazský domov pre kňazov na odpočinku. Okrem správy kostola mali na starosť spovedanie pútnikov. Nakoľko návštevnosť kalvárskeho kostola stúpala, emeritní kňazi už nezvládali pokryť pastoračné potreby pútnikov.

Od roku 1859 bol na Kalvárii  zriadený post tzv. beneficiáta, ktorým bol poverený diecézny kňaz. Medzi beneficiátmi Kostola Matky Božej bol Jozef Straňavský, Alojz Kotešovský a Jozef Belák. Počas 40-ročného pôsobenia Alojza Kolešanského na poste správcu kostola (1872 – 1921) zažila Kalvária nevídaný rozmach, ktorý bol spojený s osídľovaním kalvárskeho kopca. Kotešovský bol skutočným nestorom Kalvárie, mimoriadne známym a populárnym kňazom. O úrad farára sa neuchádzal pre chatrné zdravie. Napriek tomu zanechal za sebou kus poctivej práce. V roku 1885 na podnet biskupa Roškovániho boli pôvodné zastavenia krížovej cesty (zo 17. st.) nahradené novými. Projektantom bol nitriansky staviteľ Karol Mayer. Dvanásť reliéfov, ktoré zdobia kaplnky dodnes, pochádza z Mníchova. Pri stvárnení reliéfov sa umelci inšpirovali Frühlichovými kompozíciami. Tri kríže sa stali 12. zastavením a štrnástym zastavením Krížovej cesty sa stala šesťhranná kaplnka Božieho hrobu zo 17. storočia.